A Boca Juniorsnak komoly lökést adott, hogy Argentínában elvetették az európai stílusú bajnokságot, s 1990-ben visszatértek az osztott lebonyolításhoz. Ez a formátum, az Apertura és Clausura napjainkig is működik. Botorság lenne azt állítani, hogy ennek következtében, de a Genovaiakra új sikerkorszak köszöntött. Az igencsak ínséges nyolcvanas évek végén a Supercopa Sudamericana és a Recopa Sudamericana elhódítása már jelezte, hogy valami megmozdult a „Csokoládés dobozban”. Az ezeket a sikereket jegyző vezetőedző azonban nem marad(hatot)t posztján, utódja, Oscar Tabárez viszont két éven át is bizalmat kapott, amit két trófeával hálált meg.
A Boca 11 év után ünnepelhetett újra bajnoki címet 1992-ben az Apertura elhódításával, s még ugyanebben az évben megnyerte a Supercopa Masterst is. A bajnoki címet a szurkolók szemében még értékesebbé teszi, hogy a klub a River Plate-tel harcolt azért. A CABJ 14 meccses veretlenségi szériát produkált abban a szezonban, de jól jelzi a kiegyenlítettséget, hogy első botlása után a River mindjárt be is érte pontszámban. Az utolsó fordulóig nyitott volt az elsőség kérdése, a kék-sárgáknak hazai pályán egy döntetlen is elég lett volna a San Martin de Tucuman ellen. A vendégcsapat azonban vezetést szerzett, amit sokáig őrzött is. Két perccel a rendes játékidő letelte előtt Claudio Benitti egyenlíteni tudott, lehetővé téve az Apertura megnyerését a Bombonerában.
Ezen a ponton azonban megszakadt a sikersztori, s csak 1998-ban íródott tovább. Az akkori klubelnök, Mauricio Macri kinevezte Carlos Bianchit a Boca Juniors vezetőedzői posztjára, ez pedig telitalálatnak bizonyult. Igazán termékeny éra kezdődött ezzel a Bombonerában: tíz év alatt tizennyolc trófeával gazdagodott a Boca Juniors egyébként sem szerény gyűjteménye – érdekesség, hogy a kék-sárgák a nemzetközi porondon sikeresebbek voltak (11 trófea), mint Argentínában (7 trófea). Mindenesetre Bianchi regnálása egy hazai győzelemmel kezdődött. A Boca Juniors az 1998-as Aperturát veretlenül abszolválta (13 győzelem, 6 döntetlen), ráadásul a gólkirályi címet az azóta a klub legendájává vált Martin Palermo szerezte meg 20 találattal. A Genovaiak átmentették remek szériájukat a Clausurára is, ahol bár egy vereséget szenvedtek, ismét az ő nyakukba került a bajnoki arany. Az ominózus vereség egy komoly sorozatnak vetett véget, viszont a vereség nélkül lejátszott 40 tétmeccs így is rekordnak számít az argentin futballban.
Az új évezredet triplával köszöntötte, ha úgy tetszik, ünnepelte Bianchi gárdája. A sorrendben először a Libertadores-kupa (Lk) megnyerése következett (erről egy külön posztban számolok majd be részletesen a 2001-es és 2003-as Lk-diadallal egyetemben), majd a Világkupát hódította el a Boca Juniors. A Világkupa döntőjében a bombaerős Real Madrid várt Bianchi csapatára. A Boca azonban már öt perc elteltével 2-0-s előnyre tett szert Martin Palermo duplájával. Roberto Carlos góljával hiába szépített már a 11. percben a "királyi gárda", az argentinok sikeresen megtartották előnyüket. Kevesebb mint három héttel az Interkontinentális-kupa tokiói megkaparintása után a dzsenovaiak triplája az Apertura-elsőséggel vált teljessé. Az Apertura első 15 fordulóját vereség nélkül teljesítették a kék-sárgák, s Japánból visszatérve még legyőzték a San Lorenzót, de aztán alighanem kiütközött rajtuk a többfrontos küzdelem miatti fáradtság, s következő két bajnokijukat elbukták. A River Plate-nek így még maradt esélye a végső győzelemre, amennyiben Bianchi legénysége az utolsó fordulóban is kapitulál. A Boca azonban Matias Arce góljával 1-0-ra legyőzte az Estudiantest a Bombonerában, szertefoszlatva a "milliomosok" reményeit.
Rengeteg klub szurkolójának egyáltalán nem adatik meg, hogy triplázást ünnepeljen, a Boca-híveinek viszont 2000 után mindössze három évet kellett várnia a következőre. Időközben még 2001-ben Carlos Bianchi és a Boca Juniors útjai szétváltak, de nem sokáig, ugyanis a 2003-as triplázást már ő „vezényelte”. A sorrend pontosan megegyezett a három évvel korábbival: Libertadores-kupa, Világkupa, Apertura. Az Apertura megnyerése 2003-ban annyiban különbözött a 2000-estől, hogy a Boca már azt megelőzően bebiztosította a bajnoki címet két fordulóval a vége előtt, hogy elutazott volna Tokióba.
A Világkupa döntőjében az a Milan várt a Bocára, amellyel jelenleg holtversenyben tartja a rekordot a legtöbb nemzetközi kupagyőzelem tekintetében. Jon Dahl Tomasson révén az olaszok szereztek vezetést, de a Genovaiak hamar egyenlítettek Matias Donnet góljával, így félórányi játékot követően már ki is alakult a végeredmény. A győztes kilétét azonban el kellett dönteni, így jöhettek a tizenegyesek. A büntetőpárbajban Roberto Abbondanzieri brillírozott, kifogta Andrea Pirlo, Clarence Seedorf és Alessandro Costacurta lövését is, egyedül Rui Costa járt túl az eszén, a Boca játékosai közül pedig Rolando Schiavi, Matias Donnet és Raul Alfredo Cascini is belőtte a büntetőjét (csak Sebastián Battaglia hibázott), így a CABJ története harmadik Világkupa-győzelmét aratta.
