Az ezredfordulón a Boca Juniors egyik fő célja az volt, hogy 22 év után ismét elhódítsa a Libertadores-kupát (Lk). A 2. számú kvartettbe kaptak besorolást a Genovaiak az uruguayi Penarol, a chilei Universidad Católica és a bolíviai Blooming társaságában. Ha nem is volt ez egy könnyű csoport, egy Boca szintű csapatnak illő volt innen továbblépni. Az első meccsen a bolíviai magaslattal is meg kellett küzdenie az ellenfél mellett Bianchi csapatának, bár ezen a meccsen talán kalkuláltak is a vereséggel (0-1). A második meccsen a CABJ hozta a kötelezőt az Universidad ellen (2-1), majd az újabb rázós túrán pontot rabolt Uruguayból (0-0). A visszameccsekre annyiból volt könnyebb dolga a kék-sárgáknak, hogy a háromból kettő meccset a „Csokoládés dobozban” játszottak, így szinte nem volt miért izgulni. Ettől függetlenül nyilván be kellett húzni a három pontokat, ami gond nélkül ment: Boca – Blooming 6-1, Universidad – Boca 1-3, Boca – Penarol 3-1.
A 16 között a 7. csoport másodikja, az ecuadori El Nacional várt Riquelméékre (0-0, 5-3), hogy a nyolc között igazi szuperrangadó jöhessen létre: Boca – River. Bianchi csapata vereséget szenvedett ugyan a Milliomosoktól az első meccsen (1-2), de a Bombonera-faktor kisegítette őket: 3-0-ra húzták be a visszavágót. Az elődöntőben is óriási előnyt jelentett, hogy az első meccsen a „Csokoládés dobozban” fogadhatta a mexikói Club Américát a Boca, a megszerzett 4-1-es előny ugyanis megnyugtatónak tűnt. Azonban csak annak tűnt, a visszameccs ugyanis igen izgalmasra sikeredett, nem sok kellett a mexikóiaknak, hogy hosszabbításra mentsék a párharcot (3-1), s a mentális előny akkor bizony már náluk lett volna.
A másik ágon a döntőbe jutó címvédőnek, a Palmeirasnak sem volt könnyebb dolga a kieséses szakaszban (Penarol, Atlas, Corinthians), így a fináléban kiélezett meccsre volt kilátás. A Bombonera-faktor ezúttal nem ütközött ki olyan élesen (bár kétszer is vezetett a Boca Rodolfo Arruabarrena duplájával), de a döntetlen még mindig adott okot reménykedésre, az Lk-ban ugyanis nem számít az idegenben lőtt több gól. Annak rendje és módja szerint gól nélkül zárták a felek a visszavágót a Morumbiban, jöhetett tehát a hirtelen halál. A tizenegyespárbaj során pedig Oscar Córdoba bizonyult az argentinok hősének, mivel Asprilla és Roque Junior próbálkozását is hárította. A mindent eldöntő tizit a csapatkapitány, Jorge Bermúdez vágta be, 22 év után újra Dél-Amerika trónjára ültetve a Boca Juniorst.
2002-ben csak a negyeddöntőig jutott a Boca Juniors az Lk-ban, s talán még messzi földön híres fanatikusai sem gondolták volna, hogy a következő szezonban ismét szeretett klubjuk ülhet a sorozat trónjára. Pedig így történt. A poszt címe Bombonera-faktor helyett Bianchi-faktor is lehetett volna, az edző ugyanis legalább olyan fontos szerepet játszott a sikerekben, mint a „Csokoládés-doboz” (és a megnyert tizenegyespárbajok). Carlos Bianchi ugyanis 2001-ben távozott a csapattól, majd 2003-ban visszatért, nem is akárhogy. Pedig a Boca Juniors igen kemény csoportba került. A 7. számú kvartett mezőnye így festett 2003-ban az Lk-ban: Boca Juniors, Independiente Medellín (kolumbiai), Barcelona (ecuadori), Colo-Colo (chilei). A Bombonerában természetesen veretlen maradtak a Genovaiak, s mivel egyedül Kolumbiában kapituláltak, továbbléptek a gruppból, bár ezúttal csak másodikként éppen az Independiente mögött.
Ettől függetlenül nem bánkódhattak Bianchiék, Fortuna ugyanis fogta a kezüket, s a 16 között a brazil Paysandu hiába volt csoportgyőztes, nem jelentett megoldhatatlan feladatot. Pedig nem indult valami fényesen a párharc, a brazilok 1-0-ra nyertek Buenos Airesben. A kék-sárgák azonban nem adták fel, s némiképp meglepő 4-2-es győzelmet arattak a Paysandu pályáján. Innentől pedig visszatért a Bombonera-faktor, talán még a korábbinál is erőteljesebben. A nyolc között oda-vissza 2-1-re verte a CABJ a chilei Cobreloát, hogy az elődöntőben még simábban intézze el az ecuadori América de Calit (2-0, 4-0). A döntőben a nagyon ígéretes fiatal játékosokkal felálló Santos várt a Boca Juniorsra. Az első meccs a Bombonerában a vártnál simább volt, s a 2-0-s sikert idegenben sikerült megfejelni egy 3-1-es diadallal, így Bianchi csapata ritkán látható nagy különbséggel hódította el négy éven belül harmadszor a Libertadores-kupát.
A címvédő Boca Juniorsnak a Lk 2001-es kiírásának csoportkörében, ha lehet, az egy évvel korábbinál is könnyebb dolga volt. A chilei Cobreola, a kolumbiai Deportivo Cali és a bolíviai Oriente Petrolero nem tudta megnehezíteni a kék-sárgák dolgát, akik első öt csoportmeccsüket kivétel nélkül megnyerték – mondani sem kell, hogy hazai pályán mindhárom találkozójukat hozták. A biztos továbbjutás tudatában már az is belefért, hogy az utolsó körben 3-0-ra kikapjon Bianchi csapata Caliban.
A nyolcaddöntőben talán a vártnál kicsit jobban megizzasztotta a Genovaiakat a kolumbiai Junior Barranquilla. Az első meccset idegenben nyerte ugyan 3-2-re a Boca, de a visszavágó 1-1-es eredménye is mutatja, hogy a párharc azért végig nyílt volt. A következő két fordulóban brazil csapatokkal hozta össze a sors Bianchi gárdáját, s tudhatjuk, a szamba országának csapatai ellen senki sem mehet biztosra. A Vasco da Gama otthonában viszont 1-0-ra nyerni tudott a CABJ, a híres felfedezőről elnevezett csapat játékosai pedig valósággal elvesztek a „Csokoládés dobozban”, 3-0-s vereségükkel simán kizúgtak. Az elődöntőben aztán megismétlődött az előző kiírás döntője, s ezúttal sem bírtak egymással a felek, oda-vissza 2-2-t játszottak. Következhetett a büntetőpárbaj, amelyekből a Boca általában jól jön ki. Ezúttal sem volt ez másképp. Az argentinok a Morumbiban is képesek voltak diadalmaskodni a szétlövésben (3-2).
A fináléban a mexikói Cruz Azul várt a címvédőre, amely Marcelo Delgado góljának köszönhetően már az Azték stadionban rendezett első meccsen előnyre tett szert. A Bombonera-faktor azonban ezúttal nem érvényesült, a Boca 1-0-ra kikapott, de már-már nyugalomra adhatott okot, hogy tizenegyesekkel dőlt el a cím sorsa. Oscar Cordoba ezúttal is brillírozott, amit mi sem bizonyít jobban, hogy három mexikói is hibázott. A történelem ismétli önmagát: a Boca első Lk-győzelme után is meg tudta védeni címét a legrangosabb Dél-Amerikai klubkupában 1978-ban, s 2001-ben is végrehajtotta ugyanezt az előző évi sikert követően.
2002-ben csak a negyeddöntőig jutott a Boca Juniors az Lk-ban, s talán még messzi földön híres fanatikusai sem gondolták volna, hogy a következő szezonban ismét szeretett klubjuk ülhet a sorozat trónjára. Pedig így történt. A poszt címe Bombonera-faktor helyett Bianchi-faktor is lehetett volna, az edző ugyanis legalább olyan fontos szerepet játszott a sikerekben, mint a „Csokoládés-doboz” (és a megnyert tizenegyespárbajok). Carlos Bianchi ugyanis 2001-ben távozott a csapattól, majd 2003-ban visszatért, nem is akárhogy. Pedig a Boca Juniors igen kemény csoportba került. A 7. számú kvartett mezőnye így festett 2003-ban az Lk-ban: Boca Juniors, Independiente Medellín (kolumbiai), Barcelona (ecuadori), Colo-Colo (chilei). A Bombonerában természetesen veretlen maradtak a Genovaiak, s mivel egyedül Kolumbiában kapituláltak, továbbléptek a gruppból, bár ezúttal csak másodikként éppen az Independiente mögött. Ettől függetlenül nem bánkódhattak Bianchiék, Fortuna ugyanis fogta a kezüket, s a 16 között a brazil Paysandu hiába volt csoportgyőztes, nem jelentett megoldhatatlan feladatot. Pedig nem indult valami fényesen a párharc, a brazilok 1-0-ra nyertek Buenos Airesben. A kék-sárgák azonban nem adták fel, s némiképp meglepő 4-2-es győzelmet arattak a Paysandu pályáján. Innentől pedig visszatért a Bombonera-faktor, talán még a korábbinál is erőteljesebben. A nyolc között oda-vissza 2-1-re verte a CABJ a chilei Cobreloát, hogy az elődöntőben még simábban intézze el az ecuadori América de Calit (2-0, 4-0). A döntőben a nagyon ígéretes fiatal játékosokkal felálló Santos várt a Boca Juniorsra. Az első meccs a Bombonerában a vártnál simább volt, s a 2-0-s sikert idegenben sikerült megfejelni egy 3-1-es diadallal, így Bianchi csapata ritkán látható nagy különbséggel hódította el négy éven belül harmadszor a Libertadores-kupát.
