Eredetileg fekete-fehérben játszottak, de 1906-ban le kellett mondaniuk róla. Történt ugyanis, hogy a bajnokság playoff-jában olyan csapattal kerültek szembe, amelynek ugyanaz volt a színösszeállítása, így megegyeztek, hogy a győztes megtarthatja a színeket. A Boca kikapott, emiatt új megoldás után kellett nézniük. Megfogadták, hogy a buenos airesi kikötőbe legközelebb befutó hajó zászlajának színeit veszik fel azután. És milyen hajó kötött ki legelőször? Svéd.

Ettől kezdve a Boca Juniors kék-sárga dresszben kápráztatja el Dél-Amerikát (bár tegyük hozzá, hogy mostanában inkább sötétkék-sárga, vagy fekete-sárga színű a mezük).